Bağışıklık sistemini güçlendirmek için diğer organlar gibi bağırsakların da sağlıklı olması gerekir. Bağışıklık sistemini güçlendiren maddelerin birçoğu bağırsaklarda emilim gerçekleştirildikten sonra vücuda yayılır. Bu sebeple bağırsakların anormal veya eksik çalışması bağışıklık sistemini doğrudan etkileyebilir.
Bağırsakların daha sağlıklı olmasını isteyen kişilerin izleyebileceği yollar bulunur. Bunlardan ilki zararlı alışkanlıklardan uzak durmaktır. Vücuda giren sağlıklı maddelerin fazlalaşması bağırsak sağlığını olumlu etkileyebilir.
Lifli gıdaların tüketimi de bağışıklık sisteminin güçlendirilmesi için uygulanabilir. Bağışıklık sistemi ve bağırsak sağlığı, özellikle probiyotik ve yeterli su tüketimi ile daha iyi hale gelebilir. Probiyotikler ve bol su bağırsak hareketlerini kolaylaştırabilir. Ayrıca bazı egzersizler ve düzenli yürüyüşler yapmanın vücut sağlığı ve bağışıklık sistemi adına olumlu etkileri bulunabilir.